随着我国物流业的不断发展，物流运作主体呈现多元化特点，由此产生了不同的物流运作模式，总体来说可归纳为两大类：一是自营物流模式，二是第三方物流模式。自营物流是指农产品生产者或相关企业（即包括物品的买方和卖方）借助于自身的物质条件自行组织物流活动的一种物流模式，它追求“大而全”“万事不求人”，利用自有的设备去运营物流业务。在自给自足的“小农”思想影响下，“大而全，小而全”成为主要物流运作模式。在这一模式中，部分农业大户或者农产品加工企业也会向运输公司购买运输服务或向仓储企业购买仓储服务，但这些服务只限于一次性或一系列分散的物流功能，而且是临时性纯市场交易的服务，物流公司并不按照企业独特的业务程序提供独特的服务，即物流服务与企业价值链是松散的联系。无论是我国的农产品流通企业或加工企业还是国外的大型农场，农产品自营物流还在被不断采用，因为这种物流模式自身存在着诸多优点：可以使农场主或农业公司对物流系统运作的全过程进行有效控制，对农产品的生产和销售中的各个环节、市场对农产品的品种及质量要求、批发商以及零售商的经营能力等，都能掌握最详尽的资料，以便能够随时调整自己的生产经营战略；可以使企业在改造经营管理结构和机制的基础上充分利用原有物流资源，带动资金流转，为企业创造利润空间；可以使生产者或加工企业有效控制原材料的采购和产成品的销售，不必就相关的运输、仓储、配送和售后服务的佣金问题进行谈判，避免多次交易花费以及交易结果的不确定性，降低交易风险，减少交易费用；可以使企业根据消费者需求和市场动向及时调整物流系统，提高服务水平，从而提高企业的品牌价值和竞争能力，同时还可避免因物流外包造成的企业商业秘密的泄露。当然，自营物流也存在不少缺点：自营物流必须具备与生产能力相符的运输力量和仓储容量，不仅给企业带来资金方面的负担，而且由于市场的不确定性还给企业带来一系列风险，尤其是在销售淡季，因为大量的运输和仓储设施闲置会造成极大浪费；由于企业内部物流部门与其他许多相关部门存在一定联系，而各部门之间又有着相互独立的利益，致使管理难度加大；物流的运作要求具备专业物流知识和实践能力，企业选择自营物流，往往会因为物流不是企业主营业务，不具备相应优势而致使物流成本高、服务水平低。第三方物流是指成立专业的物流企业受卖方或买方委托，从事物流业务的一种物流外包模式。借助这一模式，既可以在专业化服务的条件下节约物流成本，提高物流效率，又可以使卖方企业或买方企业集中人力和物力搞好本企业的业气最终实现双赢目标。同自营物流相似，第三方物流同样具有自身的优势和劣势。其优势主要表现为：农产品生产者或加工企业不仅可以通过第三方物流获得自己本身没有能力提供的或自己运行不具备任何优势的物流服务，而且可以摆脱自建物流设施和信息网络等物流专业设备所需的资金负担；第三方物流服务业存在规模经济和范围经济，生产者或加工企业将物流外包给它们，比自身运营更有利于降低其运作成本，同时还可以帮助企业避免盲目投资，将资金用于适当用途；由于第三方物流企业在信息网络和配送节点上具有资源优势，可以为消费者提供更满意的服务，增强企业的市场感召力。第三方物流的劣势主要表现为：由于将物流环节交给第三方来完成，往往使得货主或者企业对物流的控制能力降低，甚至出现物流失控的风险；由于第三方物流通常并不只是面对一个客户，当信息在更多的企业间共享时，企业的商业秘密就可能被泄露；还由于第三方物流商承担着执行某些战略的职能，通常对企业的战略具有很深的认识，能够得到与此有关的信息，致使企业核心战略被泄露的风险增加。
世界上的农产品物流模式主要有东亚模式、西欧模式和北美模式三种。这三种模式各有其优势和劣势，值得我国借鉴和参考。在此，通过对我国农产品市场的研究和分析，目前我国的农产品物流可分为以下五种模式。农业合作组织将小群体的农民生产结合起来，集合成大的团体，提高了农民的团结意识，增强了市场中的竞争力。在这种模式下，农产品的交易步骤减少，交易的成本自然就下降了。只需经过较少的环节，农产品就到达了需求者的手中，这对农民和消费者来说都是大有益处的。同时，由于农业合作组织的组织，农户可以集体采购所需的物资，统一进行农产品的运输、加工、装卸、仓储，较易形成规模优势。在这种情况下，农户对于市场供求信息了解得更加清楚和透彻，当然可以及时地调整经营策略，以求获得最大的利润。现代农产品批发市场的作用主要是建立一个中介性质的平台，以方便农产品的生产者、批发商和零售商进行农产品的交易。在该模式下，一般来说，农产品首先从农户手中转到农产品批发商或零售商手中，然后再到达消费者处，其中也许还会有其他的交易环节。总体来说该模式增加了交易的环节，同时也增加了物流的环节和物流技术对接的难度。由于在此模式下，一般不会有第三方物流的介入，不仅不能保证产品的质量，而且会增加物流的成本，形成人力物力极大的浪费。这种模式带来的好处就是使农产品交易的范围扩大，全国各地的农产品能够相互流通并满足消费者多样化的需求。这里所指的领军企业是那些大型的农产品加工企业，它们具备先进的加工技术和雄厚的经济实力，可以将分散的资源集合起来进行整合。这些企业具有强大的竞争能力，并有能力开拓海外市场。领军企业在对农产品进行加工增值后，由于农产品的附加价值高，更容易满足现代人对产品多样化和高质量的要求。一般这些企业会将自己的物流外包给第三方物流企业，这样不仅提高了物流的质量和标准，更重要的是大大地降低了原来的物流成本，提高了企业的利润。由于领军企业完善的管理系统和先进的技术，其物流信息化的程度不言而喻，在信息化越加重要的今天，信息化的管理也是该模式的一大优点。现代化物流园区有十分强的综合性，它将商流、物流、资金流很好地结合起来，具备了几乎所有的物流功能，拥有高水平的物流技术和管理技术。建立在此基础上的农产品物流模式能够提供完善健全的物流服务，提升整个供应链的物流能力。通过运用现代化的物流技术和管理技术大大地提高了流通的效率并有效地进行了资源的整合利用，从而形成了规模经济的优势。在该模式下，企业通过专业化的管理可以相互取长补短，不断地完善和加强供应链和销售渠道。与此同时，全国各地的农产品和信息集中在物流园区里，再通过交易和处理发散到各地，扩大了农产品的交易半径。现代化连锁超市运用第三方物流的优势，形成了物流的网络链条，有效地将闲置资源集中起来予以利用并促使其形成规模经济。现代化连锁超市的物流运作减少了许多物流环节，自然就大大地降低了物流的成本，加之有序的管理方式又提高了农产品流通的效率。现代连锁超市能够及时掌握消费者的需求动向和收集市场信息，并可根据市场动向迅速地调整对农产品的采购，农户此时又可根据连锁超市的订单来调整农产品的生产以避免不必要的资源浪费和损失。在此模式下，由于有第三方物流管理模式和技术的介入，不仅在农产品流通的效率上有了极大的提高，对于农产品质量的监督和管理也一并提高了。为了保证现代化连锁店的质量和信誉，超市总部自然会对连锁分店严把质量关，实行奖惩制度，建立严格的质量监督和管理体系。同时，政府也便于对质量不过关和贩卖假冒伪劣产品的超市进行处罚和勒令其停业整顿，有利于形成一个良性循环的农产品市场。
与其他物流管理一样，冷链物流管理的内容也由以下主要部分组成。起始于客户的咨询、订单的下达，而后进行订单的接收处理，并将订单信息传达给仓储、运输等作业部门做相应准备。如果出货日的存货状况、装卸货能力、流通加工负荷、包装能力、配送负荷等无法满足客户要求，需提前回复客户并加以协调。订单处理作业还包括订单审核、导入、各种作业单据打印、整理和保存等。库房管理员在接到订单信息时依据订单入库日期，做好入库作业排程、入库站台排程。当货品进入当天，做入库资料查核、入库品检，查核入库货品是否与订单内容一致，当品项或数量不符时即做适当的修正或处理，并将入库资料登录建档。入库管理员可依一定方式指定卸货及栈板堆叠。对于由客户处退回的商品，退货品的入库也须经过退货品检、分类处理而后登录入库。一般商品入库堆叠于栈板之后有两种作业方式，一种方式为商品入库上架，储放于储架上，等候出库，需要时再予出货。商品入库上架由计算机或管理人员依照仓库区域规划管理原则或商品生命周期等因素来指定储放位置，或于商品入库之后登录其储放位置，以便于日后的存货管理或出货查询。另一种方式即为直接出库，此时，管理人员依照出货要求，将货品送往指定的出货码头或暂时存放地点。在入库搬运的过程中由管理人员选用搬运工具、调派工作人员，并做工具、人员的工作时程安排。库存管理作业包含仓库区的管理及库存数控制。仓库区的管理包括货品于仓库区域内摆放方式、区域大小、区域的分布等规划；货品进出仓库的控制方式，进出货方式的制定包括：货品所用的搬运工具、搬运方式；仓储区储位的调整及变动。库存数量的控制则依照一般货品出库数量、入库所需时间等来制定采购数量及采购时点，并做采购时点预警系统。制定库存盘点方法，于一定期间印制盘点清册，并依据盘点清册内容清查库存数、修正库存账册并制作盘亏报表。由客户订单资料的统计，即可知道货品真正的需求量，而于出库日，当库存数足以供应出货需求量时，依据需求数印制出库拣货单及各项拣货指示，做拣货区域的规划布置、工具的选用及人员调派。出货拣取不只包含拣取作业，更应注意拣货架上商品的补充，使拣货作业得以流畅不至于缺货，这中间包含了补货水准及补货时间、补货作业排程、补货作业人员调派。商品送出之前可能需要进行流通加工处理，流通加工作业包含商品的分类、过磅、拆箱重包装、贴标签及商品的组合包装。而欲达成完善的流通加工，必须执行包装材料及容器的管理、组合包装规则的制定、流通加工包装工具的选用、流通加工作业的排程、作业人员的调派。完成货品的拣取及流通加工作业之后，即可执行商品的出货作业，出货作业主要内容包含依据客户订单打印出货单据，制定出货排程，出货批次报表、出货商品上所需要的地址标签及出货检核表。由排程人员决定出货方式、选用集货工具、调派集货作业人员，并决定所需运送车辆的大小与数量。由仓库管理人员或出货管理人员决定出货区域的规划布置及出货商品的摆放方式。配送商品的实体作业包含将货品装车并实时配送，而达成这些作业则须事先规划配送区域的划分或配送路线的安排，由配送路径选用的先后次序来决定商品装车的顺序，并于商品的配送途中做商品的追踪及控制、配送途中意外状况的处理。信息业务部门根据客户商品出入库信息提供报表，由业务部门制作应收账单，并将账单转入会计部门作为收款凭据，并由会计部门制作各项财务报表以供营运政策制定及营运管理参考。除了上述实体作业之外，良好的物流运作更要通过各种考核评估来反映物流管理的效率，并制订良好的营运决策及方针。而营运管理和绩效管理可以由各个工作人员或中级管理阶层提供各种资讯与报表，包含出货统计资料、客户对配送服务的反应报告、配送商品次数及所用时间的报告、配送商品的失误率、仓库缺货率分析、库存损失率报告、机具设备损坏及维修报告、燃料耗材等使用量分析、外雇人员、机具、设备成本分析、退货商品统计报表、作业人力的使用率分析等。
